Deutschland / Schweden (2011) Schweren Herzens gibt Nils den Gänsen gegenüber seinen Verrat zu. Die Aufregung unter den Gänsen ist groß, einige Mitglieder plädieren dafür, Nils auszuliefern. Zu verlockend ist der Gedanke, für immer von Smirre verschont zu bleiben. Aber Akka spricht ein Machtwort: Er ist einer von uns!
Ein Sturm treibt die Vögel nach Gotland, wo Martin die verletzte Gans Daunenfein entdeckt. Er bringt ihr Futter, aber nur Nils kann ihr den verletzten Flügel wieder einrenken. Martin hat sich in Daunenfein verliebt und nur noch Augen für das hübsche Gänsemädchen.
Åsa folgt der Spur in den Norden. Inzwischen ist sie fest davon überzeugt, dass Nils mit den Gänsen unterwegs ist. Weil Martin keine Zeit mehr für Nils hat, streift dieser alleine durch den Wald, wo er von zwei Landstreichern entdeckt und gefangen genommen wird, die ihn an einen Zirkus verkaufen. Verzweifelt suchen die Gänse überall nach Nils und fragen sogar Smirre. Listig erzählt er ihnen, er habe ihn gefressen. In tiefer Trauer ziehen die Gänse ohne Nils weiter.
Als neue Hauptattraktion im Zirkus soll der Junge den Adler Gorgo ersetzen, der schon so lange gefangen ist, dass er sich in sein Schicksal ergeben hat. Nils erfährt von ihm, dass er vor langer Zeit von Akka aufgezogen wurde, sie sich aber zerstritten haben. Nils verspricht dem Adler, sich für eine Versöhnung mit Akka einzusetzen. Der Junge und der Adler fliehen und machen sich auf den Weg nach Lappland. Als sie dort eintreffen, brüten die Gänse bereits, das Schlüpfen der Küken steht kurz bevor. Martin und Daunenfein freuen sich ebenfalls auf Nachwuchs.
Auch Åsa ist in Lappland angekommen und Nils ganz dicht auf der Spur. Der entdeckt und beobachtet sie aus sicherer Distanz, denn er traut sich nicht, sich ihr in seiner kleinen Gestalt zu zeigen. Vom Raben Bataki erfährt Nils, dass er wieder ein richtiger Junge werden könnte, wenn er nach Hause zurückkehrte und Martin wieder mitbrächte. Voller Freude erzählt er seinem Freund von dieser Chance, doch Martin möchte nicht zurück. Er will seine Zukunft mit den Wildgänsen und mit seiner jungen Familie in Freiheit verbringen.
Nils hat keine Hoffnung mehr, aus dem Zauber erlöst zu werden. Am Abend bevor sich Åsa auf den Heimweg macht, gibt sich Nils ihr zu erkennen. Sie ist froh, ihn zu sehen, und überhaupt nicht erschrocken von seiner Winzigkeit. Sie möchte Nils nach Hause begleiten, er aber will auf keinen Fall als Wichtel zurück. So bricht Åsa alleine auf.
Mittlerweile sind die Gänsekinder groß genug, um den Rückflug antreten zu können. Mitten im Aufbruch holt sich Smirre eines der Jungen von Martin und Daunenfein. Trotz der lähmenden Trauer um die Junggans gibt Akka den Befehl zum Abflug, denn die Schar muss in den wärmeren Süden, bevor der Winter einbricht. Nils schwört, Smirre ein für alle Mal zur Strecke zu bringen.
Und unverhofft ergibt sich dafür eine Gelegenheit. Nils stellt ihm gemeinsam mit Martin eine Falle und kann Smirre in einer Hundehütte gefangen nehmen. Auf seiner Rückreise trifft Nils die freundliche Schriftstellerin Selma Lagerlöf. Ihr erzählt er seine Geschichte, damit sie sie für ihr neues Lehrbuch über Schweden verwenden kann.
Und zu Hause? Der Kobold erfährt, dass Nils und Martin spätestens zur Tag- und Nachtgleiche wieder auf dem Holgersson-Hof sein müssen, anderenfalls würde ihm die Koboldinnung endgültig all seine Kräfte entziehen. Kurz bevor Nils und die Gänse Schonen erreichen, beschließt Martin, seinen Freund zum Holgersson-Hof zu fliegen, auch um seiner neuen Familie die alte Heimat zu zeigen.
Kaum gelandet, wird Martin von Nils' Vater gefangen und auf die Schlachtbank gebracht. Ohne zu überlegen, springt Nils dazwischen, gerade noch rechtzeitig: In diesem Moment wird der Zauber aufgehoben und Nils wächst zu seiner eigentlichen Größe. Er kann Martin retten und endlich seine Eltern wieder in die Arme schließen.
Der Abschied von den Gänsen, deren Sprache er nun nicht mehr versteht, fällt Nils sehr schwer. Als die Vögel am Horizont verschwinden, erscheint Åsa auf dem Hof. Beim Anblick ihres Lächelns weiß Nils: Jetzt beginnt ein neues Leben!